Hned v úvodní nedělní rychlostní zkoušce zhasly naděje loňského vítěze na obhajobu prvenství. Belgičan Freddy Loix měl na nejdelší zkoušce rally defekt a následně odstoupil kvůli technickým problémům. Solidní postavení v elitní desítce neudržel ani Jevgenij Novikov, kterému se stala osudná třináctá rychlostní zkouška. Naopak skvělého výsledku dosáhla česká posádka Václav Pech, Petr Uhel jedoucí na produkčním Mitsubishi Lancer EVO IX, která se jako jediná mezi speciály kategorie Super 2000 pevně vklínila do první desítky.
V první desítce skončily ještě další dvě české posádky. Juniorský mistr světa a vítěz letošního ročníku BFGoodrich Drivers Team Martin Prokop dovezl svůj Peugeot 207 S2000 na páté příčce, hned za ním skončil Pavel Valoušek. Ten startoval coby soukromník s další Škodou Fabií S2000 a oproti první etapě si polepšil o další tři příčky.
Konečné pořadí Barum Czech Rally Zlín 2009:
1. Kopecký – Starý (CZ, Škoda Fabia S2000) 2:24:21,1 hod
2. Meeke – Nagle (GB/IRL, Peugeot 207 S2000) + 1:00,4 min
3. Hänninen – Markkula (FIN, Škoda Fabia S2000) + 2:00,8 min
4. Kresta – Gross (CZ, Peugeot 207 S2000) + 2:10,8 min
5. Prokop – Tománek (CZ, Peugeot 207 S2000) + 2:39,6 min
6. Valoušek – Hrůza (CZ, Škoda Fabia S2000) + 4:50,4 min
7. Tóth – Tagai (H, Peugeot 207 S2000) + 5:19,7 min
8. Pech – Uhel (CZ, Mitsubishi Lancer EVO IX) + 5:23,2 min
9. Solowow – Baran (PL, Peugeot 207 S2000) + 5:53,2 min
10. Rossetti – Chiarcossi (I, Fiat Grande Punto S2000) + 7:03,7 min
